Truyện tranh "Phương Pháp Trị Liệu Bí Mật" xoay quanh cuộc gặp gỡ đầy bí ẩn giữa hai nhân vật chính: Minwoo, một chàng trai trẻ đầy năng lực nhưng luôn che giấu bí mật về quá khứ đau buồn của mình, và Hyunjin, một chuyên gia tâm lý tài năng, đầy bí ẩn và đôi khi đầy lạnh lùng.
Mọi chuyện bắt đầu trở nên phức tạp hơn khi Minwoo bắt đầu điều trị cho Hyunjin sau một sự kiện khủng khiếp đã xảy ra. Hyunjin tỏ ra khá lạnh lùng và khó chịu từ những ngày đầu tiên, nhưng dần dần anh ta bắt đầu mở lòng với Minwoo. Đằng sau lớp vỏ ngao ngán, Hyunjin cũng thổ lộ rằng bản thân anh ta cũng mang một quá khứ bi kịch và đơn độc.
Những phương pháp điều trị tâm lý của Minwoo dần khơi gợi những kí ức mơ hồ trong tâm trí Hyunjin, đồng thời cũng khiến anh ta phải đối diện với những cảm xúc lẫn lộn mà anh từng cố gắng chôn giấu. Thế nhưng, không phải lúc nào mọi chuyện cũng diễn ra suôn sẻ. Một vụ án mạng bí ẩn từ quá khứ đột ngột được phơi bày, khiến cả hai phải đối mặt với nguy cơ bị cuốn vào vòng lửa của sự thật đau lòng.
Trong khi tình cảm giữa Minwoo và Hyunjin ngày càng phức tạp, họ cùng nhau khám phá những bí mật kinh hoàng và đen tối, từ đó, cuộc hành trình chữa trị tâm lý tưởng như đã định sẽ dần biến thành một cuộc chiến sinh tồn đầy kịch tính và đầy hy vọng.
